Қазақстан Республикасы Үкіметінің «Қазақстан темір жолы» республикалық мемлекеттік кәсіпорнын қайта құру туралы» 1998 жылғы 14 шілдедегі №667 Қаулысына сәйкес шығындардың ашықтығын қамтамасыз ету үшін жолаушылар тасымалы жеке еншілес мемлекеттік кәсіпорын болып бөлініп шықты.
Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2002 жылғы 27 сәуірдегі № 479 «Қазақстан темір жолы» ұлттық компаниясы» жабық акционерлік қоғамының (бұдан әрі – «ҚТЖ» ҰК» ЖАҚ) қызметін құру және ұйымдастыру мәселелері туралы» қаулысымен «Жолаушылар тасымалы» еншілес мемлекеттік кәсіпорны ашық типтегі акционерлік қоғам болып қайта құрылды.
«Жолаушылар тасымалы» ашық акционерлік қоғамы (бұдан әрі - «Жолаушылар тасымалы» ААҚ) 2002 жылдың 21 мамырында мемлекеттік тіркеуден өтті.
2004 жылы шығындардың және республикалық және жергілікті бюджеттен бөлінетін қаржылай көмектің ашықтығын қамтамасыз ету сияқты негізгі мәселелермен қатар қызмет көрсету ісін де қамтамасыз ететін қайта құрылымдау болып өтті. Осы қайта құрылымдау бағдарламасының шеңберінде алты акционерлік қоғам құру жөнінде бірқатар жұмыстар атқарылды. Олар: «Алматы вагон жөндеу зауыты», «Вокзал-сервис», «Қала маңындағы тасымал», «Жүк тасымалы», «Лизингтік жолаушылар вагон компаниясы», «Вагонсервис» акционерлік қоғамдары және «Жолсерік-Алматы» жауапкершілігі шектеулі серіктестігі (2005 жылы «Жолаушылартранс» компаниясы» жауапкершілігі шектеулі серіктестігі болып қайта аталды).
Қазақстан Республикасы Үкіметінің «Ұлттық темір жол компаниясының және ұлттық тасымалдаушылардың кейбір мәселелері туралы» 2004 жылғы 25 желтоқсандағы №1389 Қаулысына сәйкес «Жолаушылар тасымалы» акционерлік қоғамына Ұлттық тасымалдаушы мәртебесі берілді.