Для обеспечения прозрачности расходов, согласно постановлению Правительства Республики Казахстан от 14 июля 1998 года №667 «О реорганизации Республиканского государственного предприятия «Қазақстан темір жолы», пассажирские перевозки были выделены в отдельное дочернее государственное предприятие.
Постановлением Правительства Республики Казахстан от 27 апреля 2002 года №479 «О вопросах формирования и организации деятельности закрытого акционерного общества «Национальная компания «Қазақстан темір жолы» (далее - ЗАО «НК «КТЖ») дочернее государственное предприятие «Пассажирские перевозки» было преобразовано в акционерное общество открытого типа. Государственная регистрация открытого акционерного общества «Пассажирские перевозки» (далее – ОАО «Пассажирские перевозки») была произведена 21 мая 2002 года.
В 2004 году произведена реструктуризация обеспечивающей и сервисной деятельности, которая была направлена на её отделение от основной для обеспечения прозрачности расходов и целевого субсидирования пассажирских перевозок из республиканского и местных бюджетов. В рамках реализации Программы реструктуризации, проведена работа по созданию шести акционерных обществ: «Алматинский вагоноремонтный завод», «Вокзал - сервис», «Пригородные перевозки», «Багажные перевозки», «Пассажирская лизинговая вагонная компания», «Вагонсервис»; товарищество с ограниченной ответственностью «Жолсерiк-Алматы» (в 2005 году переименованный в товарищество с ограниченной ответственностью «Компания «Жолаушылартранс»).
В соответствии с Постановлением Правительства Республики Казахстан от 25 декабря 2004 года №1389 «О некоторых вопросах национальной железнодорожной компании и национальных перевозчиках» АО «Пассажирские перевозки» присвоен статус Национального перевозчика.