Компания является единственным Акционером АО «Вокзал-сервис», «Пригородные перевозки», «Пассажирская лизинговая вагонная компания», «Вагонсервис», и единственным учредителем товарищества с ограниченной ответственностью «Оперативно-технологический центр управления пассажирскими перевозками», а также владельцем 47% акций АО «Алматинский вагоноремонтный завод».
В рамках реализации Программы реструктуризации железнодорожного транспорта Республики Казахстан на 2004-2006 годы, утвержденной постановлением Правительства Республики Казахстан от 6 февраля 2004 года №145 в 2004 году произведена реструктуризация обеспечивающей и сервисной деятельности, которая была направлена на её отделение от основной для обеспечения прозрачности расходов и целевого субсидирования пассажирских перевозок из республиканского и местных бюджетов. В реструктуризации пассажирских перевозок проведена работа по созданию акционерных обществ со 100 % участием открытого акционерного общества «Пассажирские перевозки»: «Алматинский вагоноремонтный завод», «Вокзал-сервис», «Пригородные перевозки», «Пассажирская лизинговая вагонная компания», «Вагонсервис», товарищества с ограниченной ответственностью «Жолсерiк-Алматы» (в 2005 году переименованное в «Компания «Жолаушылартранс» — ныне упразднена), "Оперативно-технологический центр управления пассажирскими перевозками".
Основными видами деятельности аффилиированных дочерних предприятий является:
Кроме того, создано АО «Алматинский вагоноремонтный завод», 47% и 53% акций которого принадлежат соответственно АО «Пассажирские перевозки» и АО «НК «ҚТЖ» — производство капитального и деповского видов ремонта пассажирских вагонов.
Вышеперечисленные предприятия оказывают друг другу соответствующие услуги по обеспечению пассажирских перевозок на договорной основе.